Nacido en Marsella, estudió en el Conservatorio Superior de Ginebra y continuó su formación como aprendiz en la Opernhaus Zürich, donde ganó por unanimidad el primer premio en dirección orquestal.
Después de su debut en Ginebra, donde dirigió Die Fledermaus en 1999, fue nombrado director asistente por Sir Simon Rattle en el Festival de Glyndebourne. Desde 2002 hasta 2004 ocupó el mismo puesto en la Ópera Nacional de París. En 2004 fue nombrado director residente de la Orchestre National de Lyon, además de que en 2005 fue nombrado director asociado de la Orchestre Symphonique de Mulhouse, cargo que ocupó durante cuatro temporadas. En septiembre de 2008, Yannis Pouspourikas fue nombrado director musical del Opera Ballet Vlaanderen, donde dirige un repertorio muy diverso. Hasta 2017, también estuvo asociado como director del Aalto-Theater de Essen.
Los aspectos más destacados de la temporada 2020/2021 para Yannis Pouspourikas son sus actuaciones regulares en el Theatre Erfurt, así como recibir la nominación para el puesto de director titular de la Orquesta Sinfónica de Biel Solothurn y el puesto de Director de Conciertos de Biel Solothurn. Orquesta de Teatro para la temporada 2022/2023.
Con repertorio operístico y sinfónico, Yannis Pouspourikas es invitado regularmente por el Teatro Real de Madrid, Orchestre philharmonique de Monte–Carlo, Orchestre de la Suisse Romande, Teatro de la Maestranza de Sevilla, Magyar Állami Operaház de Budapest, Orchestre de la Radio Suisse Italienne, Staatsorchester Braunschweig, Sinfonieorchester Wuppertal, Dublin Radio Orchestra, Orchestre de Chambre de Genève, National Theatre Mannheim y Südwestdeutsche Philharmonie Konstanz.
En Francia colaboró con numerosas orquestas, como la Orchestre Symphonique de Mulhouse, Orchestre Philarmonique de Strasbourg, Orchestre de l’Opéra de Marseille, Orchestre national de Lorraine, Orchestre de Tours, Orchestre des Pays de Savoie, Orchestre philharmonique de Nice, Orquesta Colonne.
Próximamente se estrenará una grabación de la ópera l’intruse de Dirk d’Ase (libreto de M. Maeterlinck) dirigida por Yannis Pouspourikas, encargada por el Opera Ballet Vlaanderen para conmemorar el Premio Nobel a Maurice Maeterlinck.