Juanjo Mena comenzó su carrera como director artístico de la Orquesta Sinfónica de Bilbao. Ha sido Director Principal de la Filarmónica de Bergen, Director Principal Invitado de la Orquesta del Teatro Carlo Felice en Génova , Director Asociado de la Orquesta Nacional, Director Titular de la BBC Philharmonic, llevando a la orquesta en giras por Europa y Asia y dirigiendo conciertos de los BBC Proms, y del May Festival de Cincinnati.

Ha dirigido las más prestigiosas formaciones de Europa y Norteamérica, incluidas las filarmónicas de Berlín, Londres, Oslo, Nueva York y Los Ángeles; y las sinfónicas de Boston, Chicago, Cincinnati, Montreal, Pittsburgh y Toronto. En Asia es director invitado habitual de la NHK Symphony Orchestra y en España trabaja asiduamente con las principales orquestas.

En septiembre de 2022 dirigió la Orquesta del Teatro Real en su histórico debut en el Carnegie Hall, Nueva York. Sus recientes y próximos proyectos incluyen compromisos con la Filarmónica de Nueva York, Dallas Symphony, Baltimore Symphony, Gürzenich Orquesta de Colonia y la NHK Symphony Orchestra. En Europa regresa a dirigir la Orquesta Filarmónica de Berlín, la Orquesta Nacional de España, Orquesta Sinfónica de Barcelona y Nacional de Cataluña, la Orquesta Sinfónica de Madrid, la Orquesta Filharmonica della Fenice y la Iceland Symphony Orchestra entre otras.

Como director de ópera ha abordado grandes obras del repertorio romántico, como Der fliegende Holländer, Salome, Elektra, Ariadne auf Naxos, Duke Bluebeard o Erwartung, y producciones como Eugene Onegin en Génova, La vida breve en Madrid, Le nozze di Figaro en Lausanne, Billy Budd y Fidelio en Bilbao.

Juanjo Mena estudió dirección con Sergiu Celibidache tras su formación musical en el Real Conservatorio Superior de Madrid, donde tuvo a Carmelo Bernaola y Enrique García Asensio como mentores. En 2016 fue galardonado con el Premio Nacional de Música de España.

Vive con su familia en su País Vasco natal.